Fonctions utiles

Nous regroupons ici quelques fonctions réalisées au cours de formations ou d'accompagnements d'utilisateurs de PostgreSQL.

Ajout de l'auto-incrémentation sur un champ entier

Lorsqu'on importe une couche dans une table via les outils de QGIS, le champ d'identifiant choisi n'a pas le support de l'auto-incrémentation, ce qui peut poser des problèmes de l'ajout de nouvelles données.

Depuis PostgreSQL 10, on peut maintenant utiliser des identités au lieu des serial pour avoir un champ auto-complété. Voir par exemple l'article https://www.loxodata.com/post/identity/

Pour ajouter le support de l'auto-incrémentation sur un champ entier à une table existante, on peut utiliser les commandes suivantes :

-- Activer la génération automatique
ALTER TABLE "monschema"."test" ALTER "id" ADD GENERATED BY DEFAULT AS IDENTITY;

-- Mettre la valeur de la séquence (implicite et cachée) à la valeur max du champ d'identifiant
SELECT setval(pg_get_serial_sequence('"monschema"."test"', 'id'), (SELECT max("id") FROM "monschema"."test"));

Pour transformer les séquences créées précédemment via des serial en identité avec identity, on peut lancer :

-- Enlever la valeur par défaut sur le champ d'identifiant
ALTER TABLE "monschema"."test" ALTER COLUMN id DROP DEFAULT;

-- Supprimer la séquence
DROP SEQUENCE IF EXISTS "monschema"."test_id_seq";

-- Activer la génération automatique
ALTER TABLE "monschema"."test" ALTER "id" ADD GENERATED BY DEFAULT AS IDENTITY;

-- Mettre la valeur de la séquence (implicite et cachée) à la valeur max du champ d'identifiant
SELECT setval(pg_get_serial_sequence('"monschema"."test"', 'id'), (SELECT max("id") FROM "monschema"."test"));

Création automatique d'indexes spatiaux

Pour des données spatiales volumineuses, les performances d'affichage sont bien meilleures à grande échelle si on a ajouté un index spatial. L'index est aussi beaucoup utilisé pour améliorer les performances d'analyses spatiales.

On peut créer l'index spatial table par table, ou bien automatiser cette création, c'est-à-dire créer les indexes spatiaux pour toutes les tables qui n'en ont pas.

Pour cela, nous avons conçu une fonction, téléchargeable ici: https://gist.github.com/mdouchin/cfa0e37058bcf102ed490bc59d762042

On doit copier/coller le script SQL de cette page GIST dans la fenêtre SQL du Gestionnaire de bases de données de QGIS, puis lancer la requête avec Exécuter. On peut ensuite vider le contenu de la fenêtre, puis appeler la fonction create_missing_spatial_indexes via le code SQL suivant :

-- On lance avec le paramètre à True si on veut juste voir les tables qui n'ont pas d'index spatial
-- On lance avec False si on veut créer les indexes automatiquement

-- Vérification
SELECT * FROM create_missing_spatial_indexes(  True );

-- Création
SELECT * FROM create_missing_spatial_indexes(  False );

Trouver toutes les tables sans clé primaire

Il est très important de déclarer une clé primaire pour vos tables stockées dans PostgreSQL. Cela fournit un moyen aux logiciels comme QGIS d'identifier de manière performante les lignes dans une table. Sans clé primaire, les performances d'accès aux données peuvent être dégradées.

Vous pouvez trouver l'ensemble des tables de votre base de données sans clé primaire en construisant cette vue PostgreSQL tables_without_primary_key:

DROP VIEW IF EXISTS tables_without_primary_key;
CREATE VIEW tables_without_primary_key AS
SELECT t.table_schema, t.table_name
FROM information_schema.tables AS t
LEFT JOIN information_schema.table_constraints AS c
    ON t.table_schema = c.table_schema
    AND t.table_name = c.table_name
    AND c.constraint_type = 'PRIMARY KEY'
WHERE True
AND t.table_type = 'BASE TABLE'
AND t.table_schema not in ('pg_catalog', 'information_schema')
AND c.constraint_name IS NULL
ORDER BY table_schema, table_name
;

• Pour lister les tables sans clé primaire, vous pouvez ensuite lancer la requête suivante:

SELECT *
FROM tables_without_primary_key;

Ce qui peut donner par exemple:

table_schema	table_name
agriculture	parcelles
agriculture	puits
cadastre	sections
environnement	znieff
environnement	parcs_naturels

• Pour lister les tables sans clé primaire dans un schéma particulier, par exemple cadastre, vous pouvez ensuite lancer la requête :

SELECT *
FROM tables_without_primary_key
WHERE table_schema IN ('cadastre');

Ce qui peut alors donner:

table_schema	table_name
cadastre	sections

Ajouter automatiquement plusieurs champs à plusieurs tables

Il est parfois nécessaire d'ajouter des champs à une ou plusieurs tables, par exemple pour y stocker ensuite des métadonnées (date de modification, date d'ajout, utilisateur, lien, etc).

Nous proposons pour cela la fonction ajout_champs_dynamiques qui permet de fournir un nom de schéma, un nom de table, et une chaîne de caractère contenant la liste séparée par virgule des champs et de leur type.

La fonction est accessible ici: https://gist.github.com/mdouchin/50234f1f33801aed6f4f2cbab9f4887c

• Exemple d'utilisation pour une table commune du schéma test: on ajoute les champs date_creation, date_modification et utilisateur

SELECT
ajout_champs_dynamiques('test', 'commune', 'date_creation timestamp DEFAULT now(), date_modification timestamp DEFAULT now(), utilisateur text')
;

• Exemple d'utilisation pour toutes les tables d'un schéma, ici le schéma test. On utilise dans cette exemple la vue geometry_columns qui liste les tables spatiales, car on souhaite aussi ne faire cet ajout que pour les données de type POINT

-- Lancer la création de champs sur toutes les tables
-- du schéma test
-- contenant des géométries de type Point
SELECT f_table_schema, f_table_name,
ajout_champs_dynamiques(
    -- schéma
    f_table_schema,
    -- table
    f_table_name,
    -- liste des champs, au format nom_du_champ TYPE
    'date_creation timestamp DEFAULT now(), date_modification timestamp DEFAULT now(), utilisateur text'
)
FROM geometry_columns
WHERE True
AND "type" LIKE '%POINT'
AND f_table_schema IN ('test')
ORDER BY f_table_schema, f_table_name
;

Vérifier la taille des bases, tables et schémas

Connaître la taille des bases de données

On peut lancer la requête suivante, qui renvoie les bases de données ordonnées par taille descendante.

SELECT
pg_database.datname AS db_name,
pg_database_size(pg_database.datname) AS db_size,
pg_size_pretty(pg_database_size(pg_database.datname)) AS db_pretty_size
FROM pg_database
WHERE datname NOT IN ('postgres', 'template0', 'template1')
ORDER BY db_size DESC;

Calculer la taille des tables

On crée une fonction get_table_info qui utilise les tables système pour lister les tables, récupérer leur schéma et les informations de taille.

DROP FUNCTION IF EXISTS get_table_info();
CREATE OR REPLACE FUNCTION get_table_info()
RETURNS TABLE (
    oid oid,
    schema_name text,
    table_name text,
    row_count integer,
    total_size bigint,
    pretty_total_size text
)
AS $$
BEGIN
    RETURN QUERY
    SELECT
        b.oid, b.schema_name::text, b.table_name::text,
        b.row_count::integer,
        b.total_size::bigint,
        pg_size_pretty(b.total_size) AS pretty_total_size
    FROM (
        SELECT *,
        a.total_size - index_bytes - COALESCE(toast_bytes,0) AS table_bytes
        FROM (
            SELECT
            c.oid,
            nspname AS schema_name,
            relname AS TABLE_NAME,
            c.reltuples AS row_count,
            pg_total_relation_size(c.oid) AS total_size,
            pg_indexes_size(c.oid) AS index_bytes,
            pg_total_relation_size(reltoastrelid) AS toast_bytes
            FROM pg_class c
            LEFT JOIN pg_namespace n
                ON n.oid = c.relnamespace
            WHERE relkind = 'r'
            AND nspname NOT IN ('pg_catalog', 'information_schema')
        ) AS a
    ) AS b
    ;
END; $$
LANGUAGE 'plpgsql';

On peut l'utiliser simplement de la manière suivante

-- Liste les tables
SELECT * FROM get_table_info() ORDER BY schema_name, table_name DESC;

-- Lister les tables dans l'ordre inverse de taille
SELECT * FROM get_table_info() ORDER BY total_size DESC;

Calculer la taille des schémas

On crée une simple fonction qui renvoie la somme des tailles des tables d'un schéma

-- Fonction pour calculer la taille d'un schéma
CREATE OR REPLACE FUNCTION pg_schema_size(schema_name text)
RETURNS BIGINT AS
$$
    SELECT
        SUM(pg_total_relation_size(quote_ident(schemaname) || '.' || quote_ident(tablename)))::BIGINT
    FROM pg_tables
    WHERE schemaname = schema_name
$$
LANGUAGE SQL;

On peut alors l'utiliser pour connaître la taille d'un schéma

-- utilisation pour un schéma
SELECT pg_size_pretty(pg_schema_size('public')) AS ;

Ou lister l'ensemble des schémas

-- lister les schémas et récupérer leur taille
SELECT schema_name, pg_size_pretty(pg_schema_size(schema_name))
FROM information_schema.schemata
WHERE schema_name NOT IN ('pg_catalog', 'information_schema')
ORDER BY pg_schema_size(schema_name) DESC;

Lister les triggers appliqués sur les tables

On peut utiliser la requête suivante pour lister l'ensemble des triggers activés sur les tables

SELECT
    event_object_schema AS table_schema,
    event_object_table AS table_name,
    trigger_schema,
    trigger_name,
    string_agg(event_manipulation, ',') AS event,
    action_timing AS activation,
    action_condition AS condition,
    action_statement AS definition
FROM information_schema.triggers
GROUP BY 1,2,3,4,6,7,8
ORDER BY table_schema, table_name
;

Cette requête renvoie un tableau de la forme :

table_schema	table_name	trigger_schema	trigger_name	event	activation	condition	definition
gestion	acteur	gestion	tr_date_maj	UPDATE	BEFORE		EXECUTE FUNCTION occtax.maj_date()
occtax	organisme	occtax	tr_date_maj	UPDATE	BEFORE		EXECUTE FUNCTION occtax.maj_date()
taxon	iso_metadata_reference	taxon	update_imr_timestamp	UPDATE	BEFORE		EXECUTE FUNCTION taxon.update_imr_timestamp_column()

Lister les fonctions installées par les extensions

Il est parfois utile de lister les fonctions des extensions, par exemple pour :

• vérifier leur nom et leurs paramètres.
• détecter celles qui n'ont pas le bon propriétaire

La requête suivante permet d'afficher les informations essentielles des fonctions créées par les extensions installées dans la base :

SELECT DISTINCT
    ne.nspname AS extension_schema,
    e.extname AS extension_name,
    np.nspname AS function_schema,
    p.proname AS function_name,
    pg_get_function_identity_arguments(p.oid) AS function_params,
    proowner::regrole AS function_owner
FROM
    pg_catalog.pg_extension AS e
    INNER JOIN pg_catalog.pg_depend AS d ON (d.refobjid = e.oid)
    INNER JOIN pg_catalog.pg_proc AS p ON (p.oid = d.objid)
    INNER JOIN pg_catalog.pg_namespace AS ne ON (ne.oid = e.extnamespace)
    INNER JOIN pg_catalog.pg_namespace AS np ON (np.oid = p.pronamespace)
WHERE
    TRUE
    -- only extensions
    AND d.deptype = 'e'
    -- not in pg_catalog
    AND ne.nspname NOT IN ('pg_catalog')
    -- optionnally filter some extensions
    -- AND e.extname IN ('postgis', 'postgis_raster')
    -- optionnally filter by some owner
    AND proowner::regrole::text IN ('postgres')
    ORDER BY
        extension_name,
        function_name;
;

qui renvoie une résultat comme ceci (cet exemple est un extrait de quelques lignes) :

extension_schema	extension_name	function_schema	function_name	function_params	function_owner
public	fuzzystrmatch	public	levenshtein_less_equal	text, text, integer	johndoe
public	fuzzystrmatch	public	metaphone	text, integer	johndoe
public	fuzzystrmatch	public	soundex	text	johndoe
public	fuzzystrmatch	public	text_soundex	text	johndoe
public	hstore	public	akeys	hstore	johndoe
public	hstore	public	avals	hstore	johndoe
public	hstore	public	defined	hstore, text	johndoe
public	postgis	public	st_buffer	text, double precision, integer	johndoe
public	postgis	public	st_buffer	geom geometry, radius double precision, options text	johndoe
public	postgis	public	st_buildarea	geometry	johndoe

On peut bien sûr modifier la clause WHERE pour filtrer plus ou moins les fonctions renvoyées.

Lister les vues contenant row_number() over() non typé en integer

Si on utilise des vues dans QGIS qui créent un identifiant unique via le numéro de ligne, il est important :

• que le type de cet identifiant soit entier integer et pas entier long bigint
• avoir une clause ORDER BY pour essayer au maximum que QGIS récupère les objets toujours dans le même ordre.

Quand une requête d'une vue utilise row_number() OVER(), depuis des versions récentes de PostgreSQL, cela renvoie un entier long bigint ce qui n'est pas conseillé.

On peut trouver ces vues ou vues matérialisées via cette requête :

-- vues
SELECT
    concat('"', schemaname, '"."', viewname, '"') AS row_number_view
FROM pg_views
WHERE "definition" ~* '(.)+row_number\(\s*\)\s*over\s*\(\s*\) (.)+'
ORDER BY schemaname, viewname
;

-- vues matérialisées
SELECT
    concat('"', schemaname, '"."', matviewname, '"') AS row_number_view
FROM pg_views
WHERE "definition" ~* '(.)+row_number\(\s*\)\s*over\s*\(\s*\) (.)+'
ORDER BY schemaname, matviewname
;

Lister les tables qui ont une clé primaire non entière

Pour éviter des soucis de performances sur les gros jeux de données, il faut éviter d'avoir des tables avec des clés primaires sur des champs qui ne sont pas de type entier integer.

En effet, dans QGIS, l'ouverture de ce type de table avec une clé primaire de type text, ou même bigint, cela entraîne la création et le stockage en mémoire d'une table de correspondance entre chaque objet de la couche et le numéro d'arrivée de la ligne. Sur les tables volumineuses, cela peut être sensible.

Pour trouver toutes les tables, on peut faire cette requête :

SELECT
    nspname AS table_schema, relname AS table_name,
    a.attname AS column_name,
    format_type(a.atttypid, a.atttypmod) AS column_type
FROM pg_index AS i
JOIN pg_class AS c
    ON i.indrelid = c.oid
JOIN pg_attribute AS a
    ON a.attrelid = c.oid
    AND a.attnum = any(i.indkey)
JOIN pg_namespace AS n
    ON n.oid = c.relnamespace
WHERE indisprimary AND nspname NOT LIKE 'pg_%' AND nspname NOT LIKE 'lizmap_%'
AND format_type(a.atttypid, a.atttypmod) != 'integer';

Ce qui donne par exemple :

table_schema	table_name	column_name	column_type
un_schema	une_table_a	id	bigint
un_schema	une_table_b	id	bigint
un_autre_schema	autre_table_c	id	character varying
un_autre_schema	autre_table_d	id	character varying

Trouver les tables spatiales avec une géométrie non typée

Il est important lorsqu'on crée des champs de type géométrie geometry de préciser le type des objets (point, ligne, polygone, etc.) et la projection.

On doit donc créer les champs comme ceci :

CREATE TABLE test (
    id serial primary key,
    geom geometry(Point, 2154)
);

et non comme ceci :

CREATE TABLE test (
    id serial primary key,
    geom geometry
);

C'est donc important lorsqu'on crée des tables à partir de requêtes SQL de toujours bien typer les géométries. Par exemple :

CREATE TABLE test AS
SELECT id,
ST_Centroid(geom)::geometry(Point, 2154) AS geom
-- ne pas faire :
-- ST_Centroid(geom) AS geom
FROM autre_table

On peut trouver toutes les tables qui auraient été créées avec des champs de géométrie non typés via la requête suivante :

SELECT *
FROM geometry_columns
WHERE srid = 0 OR lower(type) = 'geometry'
;

Il faut corriger ces vues ou tables.

Trouver les objets avec des géométries trop complexes

SELECT count(*)
FROM ma_table
WHERE ST_NPoints(geom) > 10000
;

Les trop gros polygones (zones inondables, zonages issus de regroupement de nombreux objets, etc.) peuvent poser de réels soucis de performance, notamment sur les opérations d'intersection avec les objets d'autres couches via ST_Intersects.

On peut corriger cela via la fonction ST_Subdivide. Voir Documentation de ST_Subdivide

Tester les différences entre 2 tables de même structure

Nous souhaitons comparer deux tables de la base, par exemple une table de communes en 2021 communes_2021 et une table de communes en 2022 communes_2022.

On peut utiliser une fonction qui utilise les possibilités du format hstore pour comparer les données entre elles.

-- On ajoute le support du format hstore
CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS hstore;

-- On crée la fonction de comparaison
DROP FUNCTION compare_tables(text,text,text,text,text,text[]);
CREATE OR REPLACE FUNCTION compare_tables(
    p_schema_name_a text,
    p_table_name_a text,
    p_schema_name_b text,
    p_table_name_b text,
    p_common_identifier_field text,
    p_excluded_fields text[]

) RETURNS TABLE(
    uid text,
    status text,
    table_a_values hstore,
    table_b_values hstore
)
    LANGUAGE plpgsql
    AS $_$
DECLARE
    sqltemplate text;
BEGIN

    -- Compare data
    sqltemplate = '
    SELECT
        coalesce(ta."%1$s", tb."%1$s") AS "%1$s",
        CASE
            WHEN ta."%1$s" IS NULL THEN ''not in table A''
            WHEN tb."%1$s" IS NULL THEN ''not in table B''
            ELSE ''table A != table B''
        END AS status,
        CASE
            WHEN ta."%1$s" IS NULL THEN NULL
            ELSE (hstore(ta.*) - ''%6$s''::text[]) - (hstore(tb) - ''%6$s''::text[])
        END AS values_in_table_a,
        CASE
            WHEN tb."%1$s" IS NULL THEN NULL
            ELSE (hstore(tb.*) - ''%6$s''::text[]) - (hstore(ta) - ''%6$s''::text[])
        END AS values_in_table_b
    FROM "%2$s"."%3$s" AS ta
    FULL JOIN "%4$s"."%5$s" AS tb
        ON ta."%1$s" = tb."%1$s"
    WHERE
        (hstore(ta.*) - ''%6$s''::text[]) != (hstore(tb.*) - ''%6$s''::text[])
        OR (ta."%1$s" IS NULL)
        OR (tb."%1$s" IS NULL)
    ';

    RETURN QUERY
    EXECUTE format(sqltemplate,
        p_common_identifier_field,
        p_schema_name_a,
        p_table_name_a,
        p_schema_name_b,
        p_table_name_b,
        p_excluded_fields
    );

END;
$_$;

Cette fonction attend en paramètres

• le schéma de la table A. Ex: referentiels
• le nom de la table A. Ex: communes_2021
• le schéma de la table B. Ex: referentiels
• le nom de la table B. Ex: communes_2022
• le nom du champ qui identifie de manière unique la donnée. Ce n'est pas forcément la clé primaire. Ex code_commune
• un tableau de champs pour lesquels ne pas vérifier les différences. Ex: array['region', 'departement']

La requête à lancer est la suivantes

SELECT "uid", "status", "table_a_values", "table_b_values"
FROM compare_tables(
    'referentiels', 'commune_2021',
    'referentiels', 'commune_2022',
    'code_commune',
    array['region', 'departement']
)
ORDER BY status, uid
;

Exemple de données renvoyées:

uid	status	table_a_values	table_b_values
12345	not in table A	NULL	"annee_ref"=>"2022", "nom_commune"=>"Nouvelle commune", "population"=>"5723"
97612	not in table B	"annee_ref"=>"2021", "nom_commune"=>"Ancienne commune", "population"=>"840"	NULL
97602	table A != table B	"annee_ref"=>"2021", "population"=>"1245"	"annee_ref"=>"2022", "population"=>"1322"

Dans l'affichage ci-dessus, je n'ai pas affiché le champ de géométrie, mais la fonction teste aussi les différences de géométries.

Attention, les performances de ce type de requête ne sont pas forcément assurées pour des volumes de données importants.

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